Žemės ūkio veiklą vykdantys gyventojai, gaunantys pajamų iš žemės ūkio produktų gamybos, paslaugų žemės ūkiui teikimo ir realizuojant savo ūkyje pagamintų maisto produktų, moka 5 proc. pajamų mokestį, jeigu yra įregistruoti PVM mokėtojais arba privalo jais registruotis.
PVM mokėtojais privalo registruotis, kai pajamos sudaro daugiau kaip 45000 Eur per paskutiniuosius 12 mėnesių. Apmokestinamas skirtumas tarp gautų (uždirbtų) žemės ūkio veiklos pajamų ir juridinę galią turinčiais dokumentais pagrįstų faktiškai patirtų išlaidų. Jei ūkininkas ne PVM mokėtojas, pajamų mokestis – 0 procentų.
Pajamoms pripažinti ūkininkas turi pasirinkti jų pripažinimo apskaitos principą: pinigų – pajamos pripažįstamos pinigų gavimo momentu, t. y. apmokėjus, arba kaupimo – pajamos pripažįstamos tada, kai jos uždirbamos, neatsižvelgiant į jų apmokėjimą.
Kaupimo apskaitos principas taikomas tada, kai gyventojas yra PVM mokėtojas arba savo veiklai priskiria ir naudoja ilgalaikį turtą (VMI pateikta FR0457 forma). Tik gyventojai, naudojantys kaupimo apskaitos principą, susidariusius mokestinio laikotarpio nuostolius gali perkelti į kitus mokestinius metus.
Neapmokestinamosios pajamos yra tiesioginės išmokos pajamų lygiui palaikyti ir parama, gaunama iš Nacionalinės mokėjimo agentūros. Taip pat neapmokestinamos ūkininkų, ne PVM mokėtojų, gautos pajamos už savo turimame žemės sklype užaugintus vaiskrūmius, vaismedžius ar dekoratyvinius augalus (tarp jų ir kalėdines eglutes).
Taigi, apmokestinamosios pajamos apskaičiuojamos pagal formulę:
Žemės ūkio veiklos pajamos – neapmokestinamosios pajamos – leidžiami atskaitymai. Gautas rezultatas × 5 proc.
Gyventojui pasirinkus, leidžiamais atskaitymais gali būti pripažįstama suma, lygi 30 proc. gautų (uždirbtų) pajamų. Tokiu atveju nereikia turėti išlaidas pagrindžiančių dokumentų ir apmokestinamosios pajamos apskaičiuojamos pagal formulę:
Žemės ūkio veiklos pajamos – 30 proc. Gautas rezultatas × 5 proc.
Deklaruoti pajamas žemės ūkio veiklą vykdantys gyventojai privalo iki kitų metų gegužės 1 d. pateikdami metinę pajamų deklaraciją (forma GPM308) ir valstybinei mokesčių inspekcijai sumokėdami gyventojų pajamų mokestį.
Deklaruoti pajamas už 2014 m. privaloma, kai jos didesnės nei 10000 Lt, o 2015 m. ir vėliau – daugiau kaip 3000 Eur, jei gyventojas nėra PVM mokėtojas ir neprivalo juo registruotis.
Taip pat 5 proc. pajamų mokesčiu (tiek PVM mokėtojų, tiek ne PVM mokėtojų) apmokestinamos ūkininkų pajamos, gautos pardavus ilgalaikį turtą, naudotą žemės ūkio veikloje, nes tai ne žemės ūkio veiklos pajamos.